Zu den ältesten kontinuierlich besetzten Klöstern Bayerns zählt die ehemalige Abtei Niedernburg.

Der weite Grundbesitz des "Abteilandes" zwischen Ilz und Rotel bildete früher den Grundstock für das Passauer Hochstift. Die mächtigen Klosteranlagen, die den "Ort" auf der Halbinsel am Zusammenfluß von Donau und Inn beherrschen, zeugen heute noch von ehemaligem Reichtum, von seiner damaligen Stellung als Wirtschaftsfaktor der Diözese.
Bereits um 750 soll Niedernburg vom Agilolfinger Herzog Tassilo III. als Kanonissinnen-Stift gegründet worden sein. Urkundliche Aussagen darüber gingen leider beim Stadtbrand 1662 verloren. Beim zweiten großen Stadtbrand 1680 nahm die verheerende Feuersbrunst sogar im Apothekenlabor des Klosters ihren Ausgang. Trotz großer finanzieller Opfer gelang es damals nicht, die Wiederherstellung der schwergeschädigten Kirchen und Gebäude des Klosters zu bewerkstelligen.

Als Benediktinerinnenabtei erhielt Niedernburg 1010 von Heinrich II. die Reichsunmittelbarkeit verliehen. Die Schwester des deutschen Kaisers trat sogar nach dem Tode ihres Gatten, des Königs Stephan von Ungarn, 1042 in den Konvent ein und wurde zur Äbtissin des Hochstifts gewählt. Seit Jahrhunderten sind das Grab der seligen Gisela vor der Querhaus-Südwand der Heiligkreuz-Kirche und das 1567 aufgestellte Gnadenbild "Mariä Schutz" das Ziel zahlreicher Pilger. Durch die Klosterpforte erhalten die Besucher werktags zwischen 10 und 17 Uhr Einlaß.

Die dreischiffige, frühromanische Pfeilerbasilika "Heiligkreuz", ursprünglich St. Maria, Christus Salvator, St. Hermolaus und St. Pantaleon geweiht, steht auf den Fundamenten des agilolfingischen und eines spätantiken Vorgängerbaus. Bei einer gründlichen Renovierung wurden der gotische Chor und der in Südbayern einzigartige Ciboriumaltar wieder hergestellt.

Das zweite Gotteshaus des Klosters bewahrt das Marienpatronat, ist aber nur als Ruine erhalten. Die Klostergebäude gehen, soweit sich ihr mittelalterlicher Bestand erhalten hat, bis ins 14. Jahrhundert zurück. Die Konventgebäude umschließen an der Südseite der Heiligkreuz-Kirche einen Innenhof, der vom einzigen in Passau erhaltenen spätgotischen Kreuzgang umrahmt wird.

Von der Säkularisation nicht verschont, wurde das Kloster 1806 aufgehoben. Vorübergehend erhielten die sakralen und profanen Trakte militärische und kommunale Nutzung. Erst 30 Jahre später wurde das Kloster dem Institut der Englischen Fräulein (Maria-Ward-Schwestern) übertragen, das in der alten Abtei neben seinem Konvent das "Gisela-Gymnasium", die "Gisela-Realschule" und ein Schülerinnenheim einrichtete.